1、国内的转基因大豆油经过压榨、蒸馏等深加工，几乎不含基因结构，而它的风险也是微乎其微。但是美国的大豆油是采用油浸法炼油，其杂质可能存在大豆油中。
2、转基因大豆油因为在食物中添加了特定的基因，为跨物种传染埋下了隐患，它造成的破坏性也是很严重的。而且转基因大豆的组成物质也发生了变化，像蛋白质和苯丙氨酸的含量明显下降，还含有类似雌性激素钓化学物质，这种物质会破话人体的荷尔蒙，影响免疫系统等等。
3、转基因大豆油存在一定的过敏性，它引进的外部基因可能使得人体更容易发生过敏反应，也有可能引进的基因增强了致病菌的抗生素能力。这未知的基因有可能发生不可预料的变化，给我们的健康带来风险。目前虽然没有发现转基因食物对人体健康的危害，但它并不是养生保健安全的，存在潜在的风险。
