雌二醇凝胶主要用于绝经期综合征，比如潮热、出汗、失眠以及急躁等症状，包括自然绝经、手术或药物绝经，还用于治疗各种原因所导致的卵巢功能的失调、雌激素水平的低落。
雌二醇凝胶主要用于治疗雌性激素缺乏而引发的局部皮肤干涩瘙痒的现象。
雌二醇是育龄妇女卵巢分泌的受体水平活性较高的雌激素。绝经后，卵巢功能衰竭，雌二醇的生成几乎停止，从而引起血管运动障碍，体温调节不稳定，临床表现为潮热、出汗、睡眠障碍、泌尿生殖系统萎缩及骨质疏松等症状。雌二醇吸收入血后，使血中雌二醇浓度升高到卵泡早期水平，作用于靶器官，从而使上述症状明显减轻或消失。
特别是老年性阴道炎，会表现出局部的皮肤干裂、瘙痒这一类症状。绝经之后体内的卵巢功能衰退，雌性激素分泌降低，引发的老年性阴道炎，可以局部涂抹雌二醇凝胶，能够补充足够的雌性激素改善阴道干燥瘙痒的现象。对于臀部、下腹部、腰部、腿部如果出现黏膜干燥破裂，也可以用雌二醇凝胶涂抹治疗。
