很多转基因食物都是国外研制引进国内的，因此，大面积推广或者食用会严重威胁我国的食品安全。
2、导致农作物产量下降
对于一些转基因的小麦或蔬菜，在种植之初会长势很好，但是随着时间的推移，作物的产量开始急剧下降，甚至出现大面积死亡的情况，严重影响了农民的收入和我国的粮食产量。
3、引起牲畜的不孕不育及死亡
很多转基因食物由于其基因序列已经改变，在动物食用以后就会慢慢引起动物的不孕不育，严重的时候还会导致动物出现恶心呕吐症状，甚至死亡。
4、破坏生态环境
一旦转基因食物被自然动物所食用，时间一长会引起某些动物绝种，继而破坏了生态环境的平衡，影响整个生态环境。
5、影响人类的身体机能
转基因食物不但会对动物造成伤害，对人类也会造成同样的影响。当人类食用过多的转基因食物的时候，就会出现恶心、呕吐，精神不振等症状，严重的会出现休克的情况。
6、引起恐慌
当人们听说到转基因食物的危害的时候，一切吃过转基因食物的人会出现恐慌，继而转化为全社会的不安。
7、产生未知毒素
转基因的种子和食品可能含有未知毒素和在人体内从未发现过的过敏原。1989年生产的左旋色氨酸添加剂就是一个很好的例子。这种添加剂导致了37人的死亡，并对1500多人的健康产生危害。添加剂中的细菌经过了基因重组，使得添加剂中产生了一种新型的有毒氨基酸。
8、缺乏长期研究
转基因食品缺乏长期研究，短期信息也很少。政府假定转基因食品的危害与非转基因植物的一样，所以并不反对在食物链中使用转基因食品，真是荒唐至极。植物基因进行重组以后会产生严重的风险与安全隐患，而今尚无长期的风险信息表明这些食物是否存在长期危害。
9、产生抗药性
昆虫从长期看来，以减少农药使用为目的的转基因食品反而会导致化学剂使用量的增加，昆虫对常用的农药也会产生抗性。这就带来昆虫危害，影响食物供应，导致食物匮乏。
10、改变生物体生命特征
用转基因农作物喂养动物，其结果将无可预料。奶牛食用部分转基因大豆以后，牛奶中的脂肪含量会增加。这表明转基因食品会改变生物原本声明特征，故而其安全性不可与传统食品的相提并论。
