胺碘酮在眼部、胃肠道、神经、皮肤、甲状腺（亢进或减退）、肺、心脏（QT间期延长、心动过缓等）和肝脏（肝酶异常）等多个器官系统有严重不良反应，与许多药物也存在相互作用。
1.眼部异常
非常常见：角膜微沉积，通常局限于瞳孔下区域，在持续服药超过 6 个月的成人中非常常见，并非治疗的禁忌。在特殊情况下，它们可能伴有有色的耀眼的晕轮、畏光、干眼症或视力模糊。这种角膜微沉淀由复合的脂质沉积组成，在停止胺碘酮治疗后通常完全可逆。
非常罕见：伴有视物模糊、视力减退、角膜变性、光敏感性、眼部不适、暗点、晶体混浊的视神经病变（视神经炎）。黄斑变性或眼底视乳头水肿也有报道，可导致视力不同程度 的降低，继而进展为失明。目前，这种视神经病变与胺碘酮之间的关系尚没有明确。但是，如果无其它明显的病因，推荐暂停胺碘酮给药。
2.皮肤的异常
非常常见：光过敏反应。在胺碘酮治疗期间，建议患者避免暴露于阳光（以及紫外光）下。
常见：在每日高剂量长期治疗过程中，患者的皮肤出现淡紫色或蓝灰色色素沉着；在治疗停止之后，这种色素沉着将缓慢地消失（10-24个月）。
非常罕见： 在放射治疗期间出现的红斑自发性斑。皮疹，通常为非特异性。剥脱性皮炎，虽然剥脱性皮炎与胺碘酮之间的相互关系尚未确立。 脱发。
未知：重度皮肤反应，有时致命，特别是大疱性皮炎、中毒性表皮坏死、Stevens-Johnson 综合征、药疹伴嗜酸性粒细胞增多、荨麻疹和湿疹。
3.甲状腺异常
非常常见： 可能在无甲状腺功能障碍临床表现的情况下出现“孤立”的甲状腺激素水平异常（T4水平增加，T3水平正常或轻微下降），这并非停药指证。
常见： 具有以下典型症状的甲状腺功能减退：体重增加、畏寒、淡漠、嗜睡；如果 TSH出现明确的增高，则支持上述诊断。在停止胺碘酮治疗后 1-3 个月内，甲状腺功能可以逐渐恢复正常；停止治疗并不是强制性的，如果有胺碘酮治疗指征，可以在胺碘酮治疗的同时联合应用 L-甲状腺素替代治疗，将 TSH水平作为给药剂量的指导。甲状腺功能亢进更加具有误导性：患者很少有症状（轻微的无法解释的体重下降，抗心绞痛和/或抗心律失常治疗效果降低）；在老年患者中表现为精神障碍或者甚至表现为甲状腺毒症。超敏 TSH水平明确下降则支持该诊断，且必须停用胺碘酮：在停药后 3-4月内通常可以恢复。严重的病例有时可以导致死亡，需要急救治疗。 如果怀疑甲状腺毒症，无论是出于甲状腺本身原因还是甲状腺诱导的心肌失衡，由于合成 的抗甲状腺药物效果不稳定，可直接使用皮质类固醇（1mg/kg）治疗，治疗时间应该足够 长（3个月）。在停止胺碘酮治疗后的数月内，仍有甲状腺功能亢进的病例报道。
4.肺部异常
常见： 弥漫性间质性或肺泡性肺病和闭塞性细支气管炎伴机化性肺炎（BOOP），有时是致命的病例已有报道。如果出现活动后气短或干咳，无论是孤立的，还是伴随全身状态恶化（疲乏、体重下降、发热），如果可疑均需要进行胸部X线检查。如果有必要，需要停止胺碘 酮治疗。这些形式的肺病实际上可以进展为肺纤维化。 不管是否与皮质类固醇治疗相关，胺碘酮的早期停药可以使这种异常恢复。临床症状通常在3或4周内消失，接下来的放射检查和肺功能改善通常较慢（数月内）。 已有一些胸膜炎病例的报道，这一般与间质性肺病相关。
非常罕见： 支气管痉挛，特别是伴哮喘的患者。 已有急性呼吸窘迫综合征（有时是致命的）报道，通常在手术后即刻出现（可能与高浓度 氧相互作用）。
未知：已有表现为咯血的肺出血的病例报告，这些肺部反应通常与胺碘酮诱导性肺病相关。
5.神经系统异常
常见： 不适、乏力、震颤、不自主运动、缺乏协调、步态异常/共济失调或其它锥体外系症状。 睡眠障碍、头痛、梦魇、性欲减退。 感觉、运动或混合性外周神经病变。
不常见： 肌病。感觉、运动或混合性外周神经病变和/或肌病可能在胺碘酮治疗几个月，有时在数年之后出现。这些症状通常会在停止胺碘酮治疗后数月内开始恢复，但有时是非常缓慢的、不完全 的。
非常罕见：小脑共济失调。 良性颅内高压（假脑瘤）。如果出现孤立性头痛，则需系统检查明确潜在病因。
未知：脱髓鞘性多神经病变、帕金森、嗅觉异常
