奥利司他胶囊的危害通常包括大便紧急感，大便的次数也会增多、少数的患者会出现过敏的现象、内分泌紊乱、肝衰竭等。
1.大便失禁：奥利司他胶囊是强效的、长效的胃肠道脂肪酶抑制剂，所以在一定程度上能够使胃肠道功能紊乱，如果长期过量服用奥利司他，可能会导致大便失禁的情况出现。
2.内分泌紊乱：奥利司他胶囊主要的成分是奥利司他，在服用该药物后，会导致体内的脂肪生成障碍、代谢过度，从而引起内分泌紊乱，严重时可引起焦虑、疲乏、月经失调等症状。
3.肝衰竭：长期服用奥利司他胶囊会引起患者的肝功能异常，使身体内的转氨酶升高，碱性磷酸酶升高甚至引起肝衰竭。 虽然奥利司他能够在一定程度上帮助减肥，但是必须严格地遵医嘱用药，孕期及哺乳期的妇女、18岁以下的人群禁用，器质性肥胖患者、器官移植的患者都不可以服用奥利司他胶囊。
