猴头菇的根虽然可以食用，但带有苦味，在干制过程中为了保证其营养成分的不过多流失，往往会保留其根，在泡发时需将根去掉，否则烹饪出来的蘑菇或蘑菇汤就会带有苦味。
2、劣质产品
猴头菇对生长环境要求较高，若在生长期遇到了恶劣的环境条件，比如长时间的下雨，猴头菇的子实体就会变红，这类猴头菇也会带有苦味，并且烹饪时候不好清除苦味，只能做到轻微的减少苦味。
3、腐败变质
猴头菇的保存也有很高的要求，若是保存不当，常见的受潮就会一引起猴头菇腐败变质，这样的猴头菇不仅仅会带有苦味，还带有毒性成分，不适合食用。
猴头菇的根和发红的子实体是带有苦味的，但这苦味成分不具有毒性，可食用，仅仅影响食用口感，当然若是猴头菇腐烂变质，也会带有苦味，这样的猴头菇不适合食用，以免中毒。
生活中的猴头菇都是干制品，需要用温水泡发，在泡开之后需将猴头菇的根去掉，以免根中的苦味成分渗透到蘑菇体中，出现苦味;先泡十几分钟，再换清水，用手反复挤压猴头菇，反复多次，能尽可能的清除后调剖股中的苦味成分;另外在温水中加少许的食醋、食盐，对清除苦味也有一定的帮助。
